Όταν κάποιος πάσχει από ένα αυτοάνοσο νόσημα το ανοσοποιητικό του σύστημα λανθασμένα επιτίθεται εναντίον του ίδιου του σώματος του, στοχεύοντας τα κύτταρα, τους ιστούς και τα όργανα τους. Σε χρόνιες παθήσεις περιλαμβάνουν επώδυνες εξάρσεις και φλεγμονώδεις αντιδράσεις. Η φυσιοθεραπεία μπορεί να επέμβει με την εφαρμογή φυσικών μέσων (ηλεκτροθεραπεία, υπέρηχο, λέιζερ) και κρυοθεραπείας προκειμένου ο ασθενής να ανακουφιστεί από τα συμπτώματα. Βασικός στόχος της φυσιοθεραπευτικής παρέμβασης προκειμένου ο ασθενής να παραμείνει λειτουργικός, είναι η διατήρηση του εύρους κίνησης των αρθρώσεων. Αυτό επιτυγχάνεται με εφαρμογή ειδικών τεχνικών κινητοποίησης, ασκήσεις που προάγουν την κινητικότητα καθώς επίσης και με την εφαρμογή διατάσεων για αύξηση της ελαστικότητας των μυϊκών ομάδων που περιβάλλουν τις προσβεβλημένες αρθρώσεις. Οι ασκήσεις μυϊκής ενδυνάμωσης επίσης είναι πολύ σημαντικές για την κινητικότητα του ασθενούς.